近日，91直播下载-91直播网 许红涛/上海交通大学医学院附属第九人民医院马培翔/浙江工业大学侯卫合作在Cell 姊妹期刊Chem上发表了题为“Splint RNA-mediated single-stranded DNA-encoded library construction and label-free live-cell selection ”的研究，报道了一种夹板RNA介导单链DNA编码化合物库（ssDEL）编码方法和活细胞无标记筛选系统。

DNA编码化合物库（DEL）技术是由91直播下载-91直播网 已故创始所长Richard Lerner教授与Sydney Brenner教授提出的颠覆性药物苗头化合物发现技术，凭借高通量、低成本、大容量的核心优势，系统重构了传统药物分子筛选范式。类比生物学中心法则，DEL通过“化学中心法则” 将基因型（DNA编码序列）和表型（与DNA共价偶联的小分子）精准偶联，实现化学信息的遗传编码。经过30多年的发展，DEL已成为支撑基础研究与新疗法开发的基础性技术平台，其应用已显著超越苗头化合物发现范畴，广泛覆盖化学生物学探针设计、共价药物药效团发现、新型生物正交偶联化学开发、面向D2B（Direct-to-Biology）平台建设的高效化学反应筛选，以及人工智能模型训练所需高质量数据集的构建等。

项目团队长期聚焦于DEL基础与应用研究，系统发展了一系列DNA兼容的化学体系：包括硒-氮交换点击化学，on-DNA天然产物优势骨架合成及新颖砌块连接反应，并据此开展小规模、多样性导向的DNA编码天然产物库（nDEL）及含硒DNA编码化合物库（SeDEL）的构建与筛选研究。上述工作大幅度拓展了双链DEL（dsDEL）的化学空间。  

相较于dsDEL，单链DEL（ssDEL）在靶点原位筛选与活细胞筛选中具备天然适配优势；但其发展长期受限于编码体系冗余、特异性接头依赖性强、酶切效率低所致的编码错误及假阳性等瓶颈的制约。针对上述共性挑战，团队原创开发了短夹板RNA介导的ssDNA连接系统，实现了连接精准性与效率的协同突破：该系统对单碱基错配具有严格识别能力，可从源头保障DNA编码保真度；且仅需12–14 nt的短夹板RNA即可驱动高效连接，大幅简化编码序列设计，完全契合ssDEL对简洁性与构建效率的核心要求。

基于该系统，团队建立了简洁高效的ssDEL编码平台，系统性解决了传统ssDEL构建中的多重技术瓶颈。团队进一步整合SplintR连接酶介导的邻近连接方法（SIMPL），开发了高灵敏度PCR检测方案，显著增强信号强度，实现对极微量特异性结合分子的精准捕获与扩增，有效克服ssDEL筛选中信号微弱、信噪比低的关键障碍。该筛选体系采用无标记、活细胞模式，无需靶点纯化或化学修饰，真实还原靶点在生理环境中的天然构象与功能状态。利用该体系，团队发现一种靶向碳酸酐酶XII（CAXII，与肿瘤密切相关）的新型结合分子：其亲和力达皮摩尔级，结合动力学媲美单克隆抗体（快结合、慢解离），为放射性核素药物偶联物（RDC）研发提了供高亲和力配体，也为难成药靶点筛选提供了可推广的技术范式。

由此，短夹板RNA介导的ssDNA连接系统攻克了ssDEL领域长期存在的核心技术瓶颈，实质性拓展了DEL技术的应用边界，为活细胞筛选等前沿场景提供了稳健可靠的技术支撑。该体系不仅可加速苗头化合物发现进程，缩短研发周期并降低综合成本，更可为基础化学生物学研究提供新型工具，服务于蛋白质-小分子相互作用机制解析、靶点功能动态验证等关键科学问题，有力推动药物发现与基础研究的深度融合与范式升级。随着其持续优化与跨领域推广，该方法有望成为驱动下一代DEL平台迭代演进的核心引擎。

许红涛、马培翔、侯卫为论文的共同通讯作者，上海科技大学为第一完成单位。这一系列工作得到了上海临床研究中心的大力支持。

论文全文链接：//www.cell.com/chem/fulltext/S2451-9294(26)00011-2